Membros da agência Monarch enfrentam monstros gigantescos, incluindo o poderoso Godzilla, que entra em choque com Mothra, Rodan e seu maior inimigo, King Ghidorah, o monstro de três cabeças. Essas antigas superespécies disputam a supremacia, deixando a própria existência da humanidade em risco.

Em órbita sobre um planeta prestes a entrar em guerra, cientistas testam uma possível solução para a crise de energia, mas acabam em uma realidade alternativa.

Depois que um atentado a bomba na Embaixada dos Estados Unidos em Hong Kong mata dois agentes que investigavam contrabando de dinheiro, os inspetores Lee e James Carter caçam o autor intelectual do ataque. Mas o criminoso Ricky Tan quer assegurar que os dois não resolvam o caso.