Milhares de anos após um misterioso fenômeno transformar a humanidade inteira em pedra, desperta um garoto extraordinariamente inteligente e motivado pela ciência - Senku Ishigami. Diante de um mundo de pedra e do colapso generalizado da civilização, Senku decide usar sua mente para reconstruir o mundo. Ao lado de Taiju Oki, seu amigo de infância absurdamente forte, eles começam a reestabelecer a civilização do zero... Representando os dois milhões de anos da história da ciência, desde a Idade da Pedra até os dias atuais, esta aventura científica sem precedentes está prestes a começar!

Na Tóquio imperial, um grupo de autodenominados "Jaegers" caça em segredo os vampiros que procuram a Arca de Sirius. Entre eles está o jovem lobisomem Yuliy.

O cenário é um mundo paralelo ao Fate / stay night onde o Grande Graal desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Depois de muitos anos de silêncio, ao mesmo tempo que a Guerra do Santo Graal teria acontecido, a Yggdmillennia, uma família de magos, declara abertamente a sua separação da Associação Mage e que estão em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, e todos menos um são instantaneamente abatidos por um misterioso Servo. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.