O ano é 1879. Jurados de vingança, Kenshin e seus aliados enfrentam o inimigo mais forte de todos: Enishi Yukishiro e seus comparsas.

No começo da Segunda Guerra Mundial, uma cidade asiática se torna um grande ponto para competições entre espiões de vários países a fim de ganharem vantagens na diplomacia mundial. Quando Kato (Kamenashi Kazuya) está prestes a receber uma punição por desobedecer seus superiores, ele é escoltado por um homem chamado Yuuki (Yusuke Iseya) para se tornar espião na agência D Kikan. Após muito treino, é dado a Kato a missão de se infiltrar em uma cidade multicultural para roubar um valioso objeto de um embaixador. Porém Kato não é o único a querer o tal objeto e agora terá de lutar contra outros oponentes, inclusive uma misteriosa mulher chamada Rin (Kyoko Fukada). Baseado em um romance de Koji Yanagi.

Makoto Shishio parte em seu navio para Kyoto a fim de derrubar o governo Meiji. Para evitar que o caos retorne ao Japão, o ex-assassino que se tornou protetor do país, Kenshin Himura, decide treinar com seu antigo mestre para aprender a sua técnica final.

A paz do Japão feudal de 1844 está sendo ameaçada por um tirano cruel e impiedoso chamado Naritsugu Matsudaira. Um veterano guerreiro chamado Shinzaemon Shimada é recrutado para deter o tirano. Ele reúne mais doze guerreiros para se unirem a ele em uma missão suicida que irá assassinar o lorde Matsudaira.