O cenário é um mundo paralelo ao Fate / stay night onde o Grande Graal desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Depois de muitos anos de silêncio, ao mesmo tempo que a Guerra do Santo Graal teria acontecido, a Yggdmillennia, uma família de magos, declara abertamente a sua separação da Associação Mage e que estão em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, e todos menos um são instantaneamente abatidos por um misterioso Servo. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.

Sorbet e Tagoma, dois remanescentes do exército de Freeza, chegam à Terra em busca das Esferas do Dragão. A ideia é reuní-las para ressuscitar seu antigo líder que foi vencido após uma batalha contra Goku. O plano é bem-sucedido e, com isso, Freeza retorna disposto a se vingar. Para tanto, ele se prepara durante meses, de forma que possa reencontrar Goku no auge do seu poder.