O crime através dos olhos de uma equipe de patologistas forenses e cientistas forenses.

Após a batalha entre os Autobots e os Decepticons, que arrasou Chicago, os gigantescos robôs alienígenas desapareceram. Atualmente, eles são caçados pelos humanos, que não desejam passar por apuros novamente. Porém, enquanto a humanidade tenta se recuperar dessa terrível batalha, uma nova ameaça paira sobre a Terra.

Após o final do primeiro filme, a união de Selene a vampira e seu namorado Michael o vampiro-lobisomen terá de ser mais forte que o amor. Os dois terão de enfrentar uma legião de vampiros e lobisomen, e a evolução das espécies. Além disso, o centenário vampiro Marcus desperta de seu sono, pronto para matá-los.

Na calada da noite, vampiros se envolvem em uma batalha antiga com seus inimigos, os Lycans, um grupo de lobisomens violentos. Selene, uma vampira que é órfã por conta de um ataque dos Lycan, trabalha para o clã dos vampiros como uma matadora treinada. Quando os Lycan se interessam misteriosamente por Michael Corvin, um doutor mortal excepcional, Selene luta para livrá-lo de Lucian, um cruel Lycan.