Lincoln Burrows é condenado injustamente à pena de morte. Só lhe resta confiar no irmão Michael Scofield, que executa um plano de fuga e se vê no meio de uma perigosa conspiração.

No início de uma misteriosa invasão alienígena, uma família luta para permanecer unida na nova ordem mundial.

Durante um desfile na noite de Halloween, um menino de oito anos desaparece misteriosamente. Depois de um ano sem qualquer pista, os pais do garoto começam a sentir presenças estranhas. O casal decide se unir para procurar seu filho em toda a cidade de Nova York. O que ninguém esperava é a descoberta de um espírito vingativo, cheio de segredos antigos que colocam a vida do menino em perigo.

Na trama, em um único dia, a cidade de Silverton é devastada por uma ocorrência sem precedentes de tornados. A maioria das pessoas procura abrigo, enquanto caçadores de tempestades saem atrás dos fenômenos para registrá-los em vídeo.

Logo no início do filme "O Resgate Final (The Final Break)" (filme esse que traz uma visão do que acontece logo após a exoneração dos membros da "gangue", que acontece no episódio final da série), Michael e Sara se casam. Porém, em sua festa de casamento, a polícia federal aparece para prender Sara pela morte de Christina Hampton. Michael então é obrigado a fazer um novo plano para resgatar Sara da prisão.