Milhares de anos após um misterioso fenômeno transformar a humanidade inteira em pedra, desperta um garoto extraordinariamente inteligente e motivado pela ciência - Senku Ishigami. Diante de um mundo de pedra e do colapso generalizado da civilização, Senku decide usar sua mente para reconstruir o mundo. Ao lado de Taiju Oki, seu amigo de infância absurdamente forte, eles começam a reestabelecer a civilização do zero... Representando os dois milhões de anos da história da ciência, desde a Idade da Pedra até os dias atuais, esta aventura científica sem precedentes está prestes a começar!

Boruto é o filho do sétimo Hokage e o rejeita completamente como pai. Além disso, ele espera superar Naruto, que é respeitado como um herói. Ele acaba por encontrar o amigo do seu pai, Sasuke, e pede para se tornar seu… aprendiz?!?