Depois que o prefeito de um idílico vilarejo insular descobre uma criança com poderes misteriosos em sua costa, a comunidade, antes pacífica, entra em guerra civil, dividida pela crença de que a criança é o próximo salvador.

Becky, uma rebelde de 13 anos, é levada para um refúgio de fim de semana em uma casa no lago por seu pai em um esforço para se reconectar após a morte de sua mãe. A viagem piora quando um grupo de condenados em fuga, liderados pelo impiedoso Dominick, invade a casa do lago. Becky decide resolver o problema com as próprias mãos.

Quando um acidente aéreo ocorre em Boston, matando todos os passageiros e a tripulação de forma chocante, a agente especial do FBI Olivia Dunham é chamada para investigar. Depois que seu parceiro, o agente especial John Scott, quase morre durante a investigação, Olivia procura desesperadamente por ajuda e acaba conhecendo o Dr. Walter Bishop, considerado o Einstein da nossa geração. Só há um problema: Walter esteve internado em uma clínica psiquiátrica pelos últimos 17 anos e a única forma de questioná-lo é pedindo ajuda a Peter Bishop, o estranho filho de Walter.