Following the incident in the Southeast Asia Union in 2116, Shinya Kogami resumes his vagrant journey. In a small South Asian nation, Kogami rescues a bus of refugees under attack by armed guerrilla forces. Among the refugees is a young lady by the name of Tenzin, who begs Kogami to teach her how to retaliate against the enemy.

2112; the summer before Akane Tsunemori was assigned to Criminal Investigation Department. Teppei Sugo, an accomplished pilot of the Defense Army, joins the military operation in Okinawa. Three months later, an unmanned combat drone opens fire on the Ministry of Defense in Tokyo. Enforcer Tomomi Masaoka is dispatched to Sugo's military base to investigate the truth behind this case.

A runaway vehicle crashes into the Public Safety Bureau Building. The driver is identified as Izumi Yasaka, a psychological counselor at the Sanctuary, a Latent Criminal Isolation Facility in Aomori Prefecture. But right before her interrogation, Inspector Mika Shimotsuki and Enforcer Nobuchika Ginoza are tasked with promptly escorting Yasaka back to Aomori. What awaits them there is a False Paradise.

Certo dia, Takamiya Naho recebe uma carta escrita por ela mesma dez anos no futuro. A carta narra exatamente os eventos daquele dia, incluindo a transferência de um novo aluno para a turma dela chamado Naruse Kakeru. A Naho do futuro diz repetidamente que ela tem vários arrependimentos e quer consertar eles garantindo que Naho do passado tome as decisões certas, especialmente sobre Kakeru. O mais chocante é que ela descobre que daqui dez anos Kakeru não estará mais entre eles. A Naho do futuro pede que ela cuide dele com atenção.

O East Blue está em crise? A notícia atinge os Chapéus de Palha ao longo de sua jornada. Com suas cidades natais enfrentando momentos difíceis, Luffy e seus amigos colocam suas aventuras em espera e decidem voltar para o East Blue, quando de repente um misterioso navio pirata aparece voando no céu. O homem que dirigi o navio não é outro senão o usuário de Akuma no Mi, Shiki “O Leão Dourado”, o mesmo lendário pirata que conseguiu escapar da grande prisão submarina Impel Down, e ficou entre os mais infames piratas como o “Rei dos piratas” Gol D. Roger e Barba Branca. Depois de seqüestrar Nami por suas habilidades de navegação intuitivas, Shiki envia Luffy e sua tripulação hurdling para baixo a suas próprias ilhas flutuantes pessoais. Separando, a tripulação encontram-se então colocados em uma batalha de sobrevivência com feras terríveis em ambientes misteriosos.