A paz é repentinamente quebrada quando as sirenes de alerta soam através da Soul Society. Os moradores estão desaparecendo sem deixar rastro e ninguém sabe quem está por trás disso.

Um serviço futurístico de bombeiros robôs é criado para proteger o mundo.

O detetive Conan viaja até Cingapura para investigar um horrível assassinato ligado a uma lendária pedra conhecida como o "Punho da Safira Azul" e para impedir Kaito Kid de colocar suas mãos na cobiçada joia.

O cenário é um mundo paralelo ao Fate / stay night onde o Grande Graal desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Depois de muitos anos de silêncio, ao mesmo tempo que a Guerra do Santo Graal teria acontecido, a Yggdmillennia, uma família de magos, declara abertamente a sua separação da Associação Mage e que estão em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, e todos menos um são instantaneamente abatidos por um misterioso Servo. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.

Um vírus mortal está transformando as pessoas em cadáveres ambulantes. Takashi e seus amigos tentam escapar dos mortos-vivos.