Situado muitos anos após os acontecimentos do filme original, Willow lidera um grupo de heróis desencaminhados numa perigosa missão de salvamento através de um mundo para além da sua imaginação mais selvagem.

Um meteoro mágico cai em Adventure City, dá superpoderes aos filhotes da Patrulha Canina e os transforma em Os Super Filhotes. Quando o arquirrival da Patrulha Canina, Humdinger, foge da prisão e se junta a um cientista maluco para roubar os poderes para si, Os Super Filhotes devem salvar Adventure City e deter os supervilões antes que seja tarde demais.