Milhares de anos após um misterioso fenômeno transformar a humanidade inteira em pedra, desperta um garoto extraordinariamente inteligente e motivado pela ciência - Senku Ishigami. Diante de um mundo de pedra e do colapso generalizado da civilização, Senku decide usar sua mente para reconstruir o mundo. Ao lado de Taiju Oki, seu amigo de infância absurdamente forte, eles começam a reestabelecer a civilização do zero... Representando os dois milhões de anos da história da ciência, desde a Idade da Pedra até os dias atuais, esta aventura científica sem precedentes está prestes a começar!

Shinji Ikari ainda está à deriva após perder a vontade de viver, mas o lugar onde ele chega lhe ensina o que significa ter esperança. Finalmente, o Projeto é posto em marcha e ele fará uma última resistência para evitar o Impacto Final.