Após dois anos dos eventos da Quarta Guerra Mundial Ninja, a lua começa a cair em direção à terra. Com a lua agora como um meteoro que ameaça destruir tudo com o impacto, um Naruto mais velho tem de lidar com esta nova ameaça. Enquanto isso, uma concorrente a liderança do Clã Hyūga, Hinata, consegue entregar à Naruto um cachecol de valor sentimental amoroso no Festival de Inverno de Konohagakure, e, em seguida, é vítima de um fracassado sequestro de um vilão misterioso. Este vilão consegue tomar a irmã mais nova de Hinata, Hanabi Hyūga, como réfem, e assim atrai Naruto, Sakura, Sai, Shikamaru e Hinata em uma missão de resgate a Hanabi. Em meio a caça ao vilão, ocorre algumas conversas entre Naruto e Hinata, assim como encontros com o vilão, e os acontecimentos só fortalecem uma relação mais forte entre eles.

Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.

Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Rock Lee e Kakashi Hatake foram enviados para proteger um príncipe durante sua viagem ao redor do mundo e garantir que ele volte com segurança para sua casa no País da Lua. O País da Lua por ser muito rico possibilita que o Príncipe compre tudo que deseja. Durante sua viagem, o Príncipe encontra um grupo circense que possui um raro tigre dente-de-sabre que ele deseja ter, então ele compra o grupo todo. De repente a missão de proteger o príncipe que difícilmente escuta o que lhe é dito, se torna em uma missão para proteger não só ele, mas também outros animais, e tentar levá-los de alguma forma salvos para suas casas. O problema surge quando três ninjas que manipulam jutsus amedrontadores estão a espera deles.