Durante o governo stalinista na União Europeia, um oficial da segurança ouve falar de um país onde o número de assassinatos de crianças é muito alto, a ponto de se considerar a existência de um serial killer. O Estado não quer saber do caso, que pode ter conexões com altos funcionários do governo, e exila o oficial para que ele não possa prosseguir com a análise dos fatos. No entanto, este homem obstinado decide chamar a sua esposa para investigarem o caso por conta própria.

Paddington (voz de Ben Whishaw) foi criado na floresta do Peru pelos tios Pastuzo (voz de Michael Gambon) e Luzy (voz de Imelda Staunton), mas um terremoto acaba separando o trio. Diante disto, o pequeno urso é enviado pela tia para Londres, local onde mora um explorador que visitou o Peru décadas atrás. Paddington faz a viagem clandestinamente e, ao chegar, acaba indo para uma estação de trem. Lá ele conhece a família Brown, que decide ajudá-lo a encontrar o tal explorador. Só que a vida na civilização e entre humanos não é tão simples assim.