Depois de perderem sua mãe, Alphonse e Edward Elric tentam trazê-la de volta usando uma técnica de alquimia proíbida. Contudo, o princípio básico da alquimia é a 'troca equivalente', e tentar ressucitar alguém custa muito alto. Ed perde sua perna, e Al perde seu corpo. Ed consegue selar a alma de Al dentro de uma grande armadura metálica, dando em troca seu braço. Anos depois, Ed (com dois membros de metal) e Al (ainda preso na armadura) deixam a sua cidade natal.Ed, que possui um talento nato para a alquimia, se torna um alquimista com certificado nacional, e logo passa a ser chamado de 'full metal alchemist'. Mas o verdadeiro objetivo dos irmãos é encontrar a pedra filosofal, na esperança de recuperarem os seus corpos originais. Logo eles descobrem que essa mística pedra, que pode nem existir, é visada não só por eles, mas como muitas outras pessoas também.

A semente de uma árvore maligna é jogada na Terra por Turles, um poderoso guerreiro Saiyajin e irá criar raízes e drenar toda a vida e energia do planeta. Dela nascerão frutos que tornarão quem os comer quase invencível. Eis que Goku e seus amigos são avisados pelo Sr. Kaio da presença da árvore do mal e vão ao encontro de Turles e seu bando, onde travam batalhas incríveis.

Goku conhece Bulma e juntos vão em busca das esferas do dragão onde conhecem Yamcha e Mestre Kame. Eles ajudam Pansy a salvar seu povo do rei Rei Gurumes...

Garlick Jr. quer destruir Kami Sama e Piccolo e torna-se imortal usando o poder das Sete Esferas do Dragão. Gohan é raptado pelos cúmplices do vilão Garlick Jr. e Goku corre para salvar seu filho, mas Garlick Jr. para demonstrar seu poder cria um portal chamado Zona Mortal, capaz de sugar tudo para um mundo totalmente vazio.