Um grupo de animais é capturado após inúmeros roubos. Fazendo de tudo para escapar da prisão, eles fingem que se tornaram cidadãos exemplares e causam muita confusão.

Vindos da franquia de animação Madagascar, Capitão, Kowalski, Rico e Recruta, a elite do pinguins espiões, são capturados em uma missão que tinha como objetivo presentear o integrante mais novo da tropa (Recruta) em seu aniversário. Eles caem nas garras do temido Dr. Otavius Brine, que se sentiu prejudicado pelo quarteto em um passado remoto. Agora, eles vão ter que impedir o maléfico plano do vilão de se vingar dos pinguins do mundo todo e, para isso, terão que juntar forças com uma especializada agência de espiões, a Vento do Norte, liderada pelo Agente Secreto. Enquanto isso, Recruta tenta provar seu valor como agente especial do time de pinguins.

Após se casar com a Princesa Fiona (Cameron Diaz), Shrek (Mike Myers) vive feliz em seu pântano. Ao retornar de sua lua-de-mel Fiona recebe uma carta de seus pais, que não sabem que ela agora é um ogro, convidando-a para um jantar juntamente com seu grande amor, na intenção de conhecê-lo. A muito custo Fiona consegue convencer Shrek a ir visitá-los, tendo ainda a companhia do Burro (Eddie Murphy). Porém os problemas começam quando os pais de Fiona descobrem que ela não se casou com o Príncipe (Rupert Everett), a quem havia sido prometida, e enviam o Gato de Botas (Antonio Banderas) para separá-los.