The story of a man and a woman that extends over 30 years in the Warring State period.

O ano é 1879. Jurados de vingança, Kenshin e seus aliados enfrentam o inimigo mais forte de todos: Enishi Yukishiro e seus comparsas.

Kenshin Himura enfrenta um misterioso negociante de armas chamado Enishi Yukishiro. Ele controla o submundo da China. O segredo do "Jujishou" de Kenshin Himura também é revelado.

Uma série de assassinatos grotescos que têm ocorrido em dias chuvosos, abalam uma cidade. A única informação sobre o suspeito é que ele usa uma máscara de sapo. E o detetive que investiga o caso encontra-se numa situação delicada, pois ele percebe que sua família é o próximo alvo.

Makoto Shishio parte em seu navio para Kyoto a fim de derrubar o governo Meiji. Para evitar que o caos retorne ao Japão, o ex-assassino que se tornou protetor do país, Kenshin Himura, decide treinar com seu antigo mestre para aprender a sua técnica final.

Kenshin Himura ficou conhecido como um dos melhores assassinos do país. Porém, cansado de tanta matança, ele abandona sua espada durante uma batalha e jura que não matará mais ninguém. Sua arma é recolhida por um dos derrotados e, passado algum tempo, uma série de assassinatos relacionados ao tráfico de ópio começam a acontecer. Himura passa a ser falsamente acusado de assassinato e sua promessa de nunca mais tirar uma vida é testada.