A equipe descobre que quando eles crescerem, seu relacionamento com os Digimons chegará perto do fim. Eles percebem que quanto mais lutam, mais rápido seu vínculo se rompe e o tempo de escolha se aproxima.

The DigiDestined must stand together to prevent the digital world from swallowing the real world.

Boruto é o filho do sétimo Hokage e o rejeita completamente como pai. Além disso, ele espera superar Naruto, que é respeitado como um herói. Ele acaba por encontrar o amigo do seu pai, Sasuke, e pede para se tornar seu… aprendiz?!?

Após dois anos dos eventos da Quarta Guerra Mundial Ninja, a lua começa a cair em direção à terra. Com a lua agora como um meteoro que ameaça destruir tudo com o impacto, um Naruto mais velho tem de lidar com esta nova ameaça. Enquanto isso, uma concorrente a liderança do Clã Hyūga, Hinata, consegue entregar à Naruto um cachecol de valor sentimental amoroso no Festival de Inverno de Konohagakure, e, em seguida, é vítima de um fracassado sequestro de um vilão misterioso. Este vilão consegue tomar a irmã mais nova de Hinata, Hanabi Hyūga, como réfem, e assim atrai Naruto, Sakura, Sai, Shikamaru e Hinata em uma missão de resgate a Hanabi. Em meio a caça ao vilão, ocorre algumas conversas entre Naruto e Hinata, assim como encontros com o vilão, e os acontecimentos só fortalecem uma relação mais forte entre eles.

Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.

Designado para uma missão para capturar Mukade, Naruto Uzumaki viaja para as ruínas de outra gloriosa histórica Rouran, onde persegue e encurrala o ninja. Mukade revelou a linha dormente dentro das ruínas, ele amplia o poder da linha temporal, causando uma luz para envolver Naruto, enviando-lhe vinte anos no passado. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com seu pai.

Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo...!? Entretanto os 11 de konoha vão por vontade própria em busca de Kakashi acabando por enfrentar o bando de shinobis desconhecidos... como correrá?

Antigamente existia a 'mágica' e respeitada vila do "Céu", uma fortaleza flutuante. Acreditava-se que ela era o centro mais protegido do mundo, pois era uma combinação de gigantescas muralhas impenetráveis, e havia um poder de flutuação que era sustentado por um outro mistério, o 'Chakra Negro'. Mas por algum motivo a vila oculta do "Céu" foi extinta... a "Vila Flutuante" sumiu com tudo e com todos, o que restou foram somente ruínas e algumas histórias. Agora ela reaparece trazendo à tona laços inseparáveis.

Demônios que antes quase destruíram o mundo, agora foram libertados por alguém. Para evitar a destruição, os demônios devem ser novamente selados e trancados, e a única pessoa capaz de fazer isto é uma menina chamada Shion. Ela vem do país do demônio e é capaz de duas coisas: prever a morte de pessoas e também selar demônios. Desta vez, a missão de Naruto é proteger Shion, mas ela prevê a morte dele.

Gon é um garoto que nunca conheceu seu pai e sua mãe faleceu quando ele era muito pequeno, sendo cuidado por sua tia que para ele é sua mãe. Certo dia Gon descobre que seu pai ainda está vivo e que é um Hunter, então Gon decide sair de sua ilha para virar um Hunter e conhecer seu pai. Muitos outros personagens aparecem como: Kurapika, que foi o único sobrevivente de seu clã que foi massacrado pelo Genei Ryodan e deseja vingança, Killua um jovem garoto que é da famosa família de assassinos Zoldick, Leorio que deseja se tornar Hunter para ganhar muito dinheiro e virar médico.