Em Eiffel, a história acompanha o engenheiro civil, Gustave Eiffel, e sua busca por inspiração sob extrema pressão. Depois de sua elogiada colaboração com Auguste Bartholdi na Estátua da Liberdade, Gustave deve produzir uma obra espetacular para a Exposição Universitária de Paris de 1889.

Maltazard, agora com dois metros de altura, está aterrorizando os humanos. Ele pretende formar um exército de capangas gigantes e dominar o mundo. O corajoso Arthur, reduzido ao tamanho de duas polegadas de altura, não consegue enfrentar o vilão nesse estado. Com a ajuda da princesa Selenia e do amigo Betameche, ele tenta encontrar o elixir do avô, que o levará ao tamanho normal. O problema é que Darkos, o filho de Maltazard, fará o possível para impedi-los.