Em uma Tóquio abandonada e repleta de bolhas e anormalidades gravitacionais, um jovem talentoso e uma garota misteriosa têm um encontro fatídico.

Um famoso criador de mangás se envolve em eventos paranormais durante uma pesquisa. O Stand User Kishibe Rohan visita a Itália, vai à falência e muito mais.

Depois que cientistas descobrem uma substância misteriosa que pode influenciar as mentes humanas, duas facções travam uma batalha para controlar o seu incrível poder.

O cenário é um mundo paralelo ao Fate / stay night onde o Grande Graal desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Depois de muitos anos de silêncio, ao mesmo tempo que a Guerra do Santo Graal teria acontecido, a Yggdmillennia, uma família de magos, declara abertamente a sua separação da Associação Mage e que estão em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, e todos menos um são instantaneamente abatidos por um misterioso Servo. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.