A história de Koko, um menino criado por Pokémon, e a criação de um novo vínculo entre os humanos e Pokémon.

Ash Ketchum tem 10 anos, o que significa que ele já tem idade suficiente para se tornar um instrutor de Pokémon. Ash sonha muito sobre as aventuras que ele experimentará depois de ganhar seu primeiro Pokémon do Professor Oak.

Conforme Ash e seus amigos continuam sua jornada, Volcanion cai do céu na frente deles. O objetivo de Volcanion é recuperar Magearna, que foi sequestrada pelo "Reino Azoth", uma cidade de super máquinas. No entanto, Volcanion e Ash tornaram-se ligados entre si por um estranho cinto magnético. Será que os dois conseguirão trabalhar juntos e salvar Magearna?

Um grupo de cinco Genesect invadiram a cidade grande e representam uma ameaça para o fornecimento de energia elétrica, o que atrai a atenção do lendário Pokémon Mewtwo. Ash, Pikachu e seus amigos devem vir para o resgate quando o poderoso líder, um Genesect vermelho, enfrenta Mewtwo.

Giratina é o único morador do Mundo Reverso, um mundo pouco conhecido em paralelo com o nosso em que vivemos. Furioso quando Palkia e Dialga distorcem o tempo e o espaço, Giratina leva Dialga até o Mundo Reverso para iniciar uma batalha – mas o confronto é paralisado por um pequeno Shaymin, um Pokémon Gratidão. Logo depois de Ash e seus amigos aceitarem ajudar Shaymin, eles são arrastados para o Mundo Reverso, e lá eles conhecem Newton Graceland, que está pesquisando sobre aquele mundo misterioso. O que eles não sabem é que o antigo assistente de Newton, Zero, deseja selar o poder de Giratina para que então ele possa dominar o Mundo Reverso, mesmo se isso causar a destruição do mundo real! Será que nossos heróis conseguirão deter os planos malignos de Zero e proteger os dois mundos? Irá Giratina resolver suas diferenças com Dialga?

O jovem treinador pokémon Ash Ketchum e seus amigos partem rumo à bela montanha de Greenfield, onde eles devem encontrar Unown, o mais misterioso de todos os pokémons. O motivo da busca é que Unown criou uma disputa mais instigante que qualquer outra batalha pokémon que Ash já tenha enfrentado. Mas, com a ajuda de Pikachu, seus amigos Misty e Brock e até mesmo da Equipe Rocket, Ash irá ainda ajudar a órfã Molly a se libertar das forças místicas que a mantém presa em um mundo de sonhos.