No Domínio do Diamante subterrâneo, onde muitos Carbink vivem, a Pokémon Mítica Diancie serve como regente. O Diamante Coração que sustenta o reino começa a desmoronar e Diancie ainda não é forte o bastante para criar um novo. Enquanto busca ajuda da Pokémon Lendária Xerneas, Diancie encontra um grupo de ladrões que querem tomar controle de seu poder de criação de diamantes, mas os ladrões acabam despertando o Pokémon Lendário Yveltal de seu casulo no processo! Poderá Ash e seus amigos ajudarem Diancie a descobrir seu verdadeiro poder, impedir o frenesi destruidor de Yveltal e salvar o Domínio do Diamante?

Comparável às Armas Antigas, o trunfo dos fuzileiros navais, as “Pedras Dyna”, de repente foram roubadas por um homem terrivelmente poderoso, o ex- Almirante “Z”! Após uma curta e devastadora batalha contra o almirante Kizaru, “Z” fica gravemente ferido e é encontrado no mar pelo bando dos Chapéus de Palha, porém decide acabar com eles após saber que são piratas. A sede da Marinha finalmente se move para lidar com a conspiração que ameaça abalar os pilares do Novo Mundo.

Giratina é o único morador do Mundo Reverso, um mundo pouco conhecido em paralelo com o nosso em que vivemos. Furioso quando Palkia e Dialga distorcem o tempo e o espaço, Giratina leva Dialga até o Mundo Reverso para iniciar uma batalha – mas o confronto é paralisado por um pequeno Shaymin, um Pokémon Gratidão. Logo depois de Ash e seus amigos aceitarem ajudar Shaymin, eles são arrastados para o Mundo Reverso, e lá eles conhecem Newton Graceland, que está pesquisando sobre aquele mundo misterioso. O que eles não sabem é que o antigo assistente de Newton, Zero, deseja selar o poder de Giratina para que então ele possa dominar o Mundo Reverso, mesmo se isso causar a destruição do mundo real! Será que nossos heróis conseguirão deter os planos malignos de Zero e proteger os dois mundos? Irá Giratina resolver suas diferenças com Dialga?

Durante uma tempestade na Grand Line, Luffy e seus companheiros exploram um navio que estava afundando e nele encontram um grande baú de tesouro. Estavam ansiosos para abrirem o baú, porém o que estava lá dentro não era um tesouro e sim uma mulher velha com dentes de ouro. Ela se escondeu no baú enquanto o navio afundava com a intenção de se proteger. Então ela propôs ao Bando do Chapéu de Palha que se eles a salvarem, como agradecimento ela os levaria até o lendário tesouro de sua ilha, A Coroa de Ouro! Então como já era de se esperar Luffy e seu bando partem para a tal ilha.

O jovem treinador pokémon Ash Ketchum e seus amigos partem rumo à bela montanha de Greenfield, onde eles devem encontrar Unown, o mais misterioso de todos os pokémons. O motivo da busca é que Unown criou uma disputa mais instigante que qualquer outra batalha pokémon que Ash já tenha enfrentado. Mas, com a ajuda de Pikachu, seus amigos Misty e Brock e até mesmo da Equipe Rocket, Ash irá ainda ajudar a órfã Molly a se libertar das forças místicas que a mantém presa em um mundo de sonhos.