Com amnésia, Caiman conta com a ajuda da amiga Nikaido para tentar matar o feiticeiro que o deixou com cabeça de lagarto.

Após dois anos dos eventos da Quarta Guerra Mundial Ninja, a lua começa a cair em direção à terra. Com a lua agora como um meteoro que ameaça destruir tudo com o impacto, um Naruto mais velho tem de lidar com esta nova ameaça. Enquanto isso, uma concorrente a liderança do Clã Hyūga, Hinata, consegue entregar à Naruto um cachecol de valor sentimental amoroso no Festival de Inverno de Konohagakure, e, em seguida, é vítima de um fracassado sequestro de um vilão misterioso. Este vilão consegue tomar a irmã mais nova de Hinata, Hanabi Hyūga, como réfem, e assim atrai Naruto, Sakura, Sai, Shikamaru e Hinata em uma missão de resgate a Hanabi. Em meio a caça ao vilão, ocorre algumas conversas entre Naruto e Hinata, assim como encontros com o vilão, e os acontecimentos só fortalecem uma relação mais forte entre eles.

Designado para uma missão para capturar Mukade, Naruto Uzumaki viaja para as ruínas de outra gloriosa histórica Rouran, onde persegue e encurrala o ninja. Mukade revelou a linha dormente dentro das ruínas, ele amplia o poder da linha temporal, causando uma luz para envolver Naruto, enviando-lhe vinte anos no passado. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com seu pai.

Naruto, Shikamaru e Sakura, com a ajuda de Gaara, Kankurou e Temujin, devem salvar o mundo de um grande perigo que se aproxima.

Esse filme relembra a destruição do Dr. Gero pelas mãos dos Andróides nº 17 e 18 e como o misterioso computador despertou três novos andróides malignos. Os andróides foram programados para destruir Goku. Para encontrar os guerreiros Z, dois deles começam a destruir a cidade.