O ano é 1879. Jurados de vingança, Kenshin e seus aliados enfrentam o inimigo mais forte de todos: Enishi Yukishiro e seus comparsas.

Makoto Shishio parte em seu navio para Kyoto a fim de derrubar o governo Meiji. Para evitar que o caos retorne ao Japão, o ex-assassino que se tornou protetor do país, Kenshin Himura, decide treinar com seu antigo mestre para aprender a sua técnica final.

O maléfico Makoto Shishio tenta derrubar o governo Meji. Kenshin Himura não tem outra escolha a não ser sacar a espada mais uma vez (apesar de ter prometido não

Kenshin Himura ficou conhecido como um dos melhores assassinos do país. Porém, cansado de tanta matança, ele abandona sua espada durante uma batalha e jura que não matará mais ninguém. Sua arma é recolhida por um dos derrotados e, passado algum tempo, uma série de assassinatos relacionados ao tráfico de ópio começam a acontecer. Himura passa a ser falsamente acusado de assassinato e sua promessa de nunca mais tirar uma vida é testada.