As Guerras Clônicas estão em pleno andamento e Anakin Skywalker mantém um elo de lealdade com Palpatine, ao mesmo tempo em que luta para que seu casamento com Padmé Amidala não seja afetado por esta situação. Seduzido por promessas de poder, Anakin se aproxima cada vez mais de Darth Sidious até se tornar o temível Darth Vader. Juntos eles tramam um plano para aniquilar de uma vez por todas com os cavaleiros jedi.

Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo (Keanu Reeves) tem sua mente presa em um local que fica entre a Matrix e a realidade, do qual apenas poderá sair com a ajuda de Trainman (Bruce Spence). Após perceberem que as ondas cerebrais de Neo são idênticas as de uma pessoa conectada à Matrix, Trinity (Carrie-Anne Moss) e Morpheus (Laurence Fishburne) buscam a ajuda da Oráculo (Mary Alice) e Seraph (Sing Ngai). Trinity, Morpheus e Seraph vão em busca de Merovingian (Lambert Wilson), que possui controle sobre Trainman e pode libertar Neo. Após obterem sucesso no resgate, o trio se divide em duas missões: Enquanto Morpheus e a tripulação de duas naves parte rumo a Zion, na tentativa de ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity se dirigem à Cidadela das Máquinas.