Na fossa mais profunda do Oceano Pacífico, a tripulação de um submarino fica presa dentro do local após ser atacada por uma criatura pré-histórica que se achava estar extinta, um tubarão de mais de 20 metros de comprimento, o Megalodon. Para salvá-los, um oceanógrafo chinês contrata Jonas Taylor, um mergulhador especializado em resgates em água profundas que já encontrou com a criatura anteriormente.

Após a batalha entre os Autobots e os Decepticons, que arrasou Chicago, os gigantescos robôs alienígenas desapareceram. Atualmente, eles são caçados pelos humanos, que não desejam passar por apuros novamente. Porém, enquanto a humanidade tenta se recuperar dessa terrível batalha, uma nova ameaça paira sobre a Terra.

O vírus-T fatal da Corporação Umbrella está se espalhando pelo mundo, transformando pessoas comuns em legiões de zumbis. Prestes à extinção, a raça humana só tem uma esperança: Alice. Ela tem uma missão, lutando pelas cidades e através de continentes, sempre dentro da principal instalação de pesquisa da Corporação Umbrella. Velhos amigos se tornam novos inimigos, enquanto ela batalha para se libertar e descobre que tudo em que acreditou pode nem ser verdade.